随着年纪渐大，马拉多纳的表现亦慢慢走下坡，1990年世界杯担任了阿根廷的队长，带领球队进入决赛，但以0比1败给前西德。1992年马拉多纳离开开创他人生高峰的那不勒斯，转投西班牙小俱乐部塞维利亚，一年后再回到阿根廷俱乐部效力。在1994年世界杯，虽然马拉多纳参加了两场赛事并入了一球，但后来他对禁药麻黄素的药物检测呈阳性反应，被判罚停赛15个月，结果阿根廷最终被在八分之一决赛被淘汰出局。1997年马拉多纳最终宣布挂靴，结束其璀璨的球员生涯。在2002世界杯即将到来之前，阿根廷足协曾希望FIFA允许他们退休马拉多纳的国家队10号球衣，改以1～9及11～24号球衣参赛，但最后没有被允许。

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