克拉斯诺达尔足球俱乐部成立于2008年2月22日，这天俱乐部获得了参加第二俄罗斯分部职业队比赛的许可证。足球俱乐部的创立者是俄罗斯零售大王谢尔盖·尼古拉耶维奇·加利茨基。因为队徽上面的猛牛，所以克拉斯诺达尔足球俱乐部还有“公牛”的绰号。

2008赛季，俱乐部在取得第三级联赛乙级联赛南区第三名后升入第二级联赛的俄罗斯足球甲级联赛。2009赛季，球队首次参加乙级联赛，取得了第10名。2010赛季，球队取得了联赛第五名，但顶替因债务问题而解散的莫斯科州土星而幸运的首度晋级俄罗斯足球顶级联赛。

2013/2014赛季，俱乐部在奥列格·科诺诺夫(Oleg Kononov)的带领下，获得俄超联赛第5名，这是克拉斯诺达尔首次在欧洲联赛中首次亮相。可以说克拉斯诺达尔欧洲联赛中首次亮相是成功的，在欧罗巴联赛的预选赛中“公牛”有过出色的表现，但最终不敌英国的埃弗顿，德国的沃尔夫斯堡和法国的里尔。

2015/2016赛季是克拉斯诺达尔最好的一年，在俄罗斯冠军赛中，该队获得第四名，获得了再次参加欧洲比赛的权利，同时在俄超联赛取得了比以往更多的进球(54个进球)，而失球比以往更少(25个)。前锋费多尔·斯莫洛夫(Fedor Smolov)进20球，成为俄罗斯冠军的最佳射手。在俄罗斯杯中，闯入了半决赛，在欧洲联赛中，成功从小组赛的第一名进入淘汰赛阶段。

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